在發展高階系統前，一個規劃完善且正確的醫院資訊系統將是醫院發展資訊化的重要基礎。

門診系統

依據病人診療動線包刮掛號系統、病歷系統、診間醫令系統、批價系統、藥局系統等，並由健保申報系統進行後續資料彙整與送交健保署，其中診間醫令系統為門診系統的核心，醫師可在其系統內執行SOAP(subject data,object data,assessment,plan)的相關主訴、檢驗、處方的輸入。

住院系統

住院系統的範圍較廣也較為複雜，包刮住院管理系統、護理站系統、住院醫令系統、單一劑量處方系統、檢驗室管理系統、放射檢查系統、手術室管理系統、供膳系統、血庫系統、住院批價系統、住院健保申請系統等病人在住院流程中所必須使用的相關整合性系統，其中住院醫令系統為其核心系統。

急診系統

急診系統和門診系統非常類似，最主要差異為急診系統必須具備檢傷分類的功能。

管理系統

是醫院的後端部分，包括會計總帳系統、成奔會計系統、預算管理系統、績效管理系統、人力資源管理系統、醫師提成系統、庫存管理系統、採購管理系統、財產/儀器設備管理系統等，其中醫師提成系統可視為績效管理中專為醫師績效所設計的系統。

參考:醫學資訊管理學(華杏出版)